日軍侵台之初，此地曾作為義軍抗日活動據點而遭焚毀，後由各方善信捐款重建。1986年政府開始修護研究的工作，1990年動工，翌年12月完成。金山寺有一極具知名度的泥塑觀音佛像、一對石獅與泥塑十八羅漢。寺廟建築大量使用磚塊，尤其磚柱最為特殊，部分使用全台罕見空花磚，極具研究價值。
列為三級古蹟的金山寺供奉的觀音佛祖，是由浙江普陀山分靈而來，乾隆五十年 (西元一七八五年)開始祭祀，咸豐八年 (一八五二年)時建廟並命名為香蓮庵。
在當時傳說廟宇後方的清泉十分靈驗，許多信徒經常前往汲取泉水，在同治三年 (一八六四年)改建時，也因此易名為靈泉寺，許多文人墨客經常在此品茗賦詩，造就「靈泉泉茗」的竹塹盛景。光緒十五年 (一八八九年)重建廟宇，更名為長清禪寺，後來又因位於金山面，而改稱金山寺。
金山寺雖然在晚清時期盛極一時，但命運多舛，在日軍入台之初，這裡曾為義軍的據點而被焚毀，重建後盛況不再，光復後，又被作為監禁犯法的中國兵的臨時監獄，長達十餘年，對金山寺的打擊甚大，後由各方善信捐款重建。科學園區成立之初，一度想徵收金山寺為工業區，後因當地民眾反對而作罷。1985年內政部正式公告金山寺為國家三級古蹟後，1986年政府開始修護研究的工作，1990年動工，翌年12月完成。金山寺有一極具知名度的泥塑觀音佛像、一對石獅與泥塑十八羅漢。寺廟建築大量使用磚塊，尤其磚柱最為特殊，部分使用全台罕見空花磚，極具研究價值，金山寺在地方人士重新營造之下逐漸恢復往日榮景，成為關東地區民眾的信仰中心。

交通
步行：搭１甲路公車在釓寺站下車，或30路在實驗中學站下車（右轉入力行路）。
開車：新竹交流道下光復路一段轉入介壽路，經實驗中學大門口右轉入力行路，即見金山寺。